Rõuge kihelkonna Haanja kroonumõis on moodustatud 1866 aastal saksakeelse nimetusega Hahnhof.
Eesti iseseisvusaastatel on Haanja valla alla kuulunud ka praeguse Rõuge valla idaosa, mis nõukogude aastate algul kandis Koke külanõukogu nime. 1925 aastal oli praeguse valla territooriumil 3 valda, Haanja, Rogosi, Vana-Laitsna ja osa 1937. aastal Haanja vallaga liidetud Saaluse vallast.
Nõukogude okupatsiooniaastatel, 1944 moodustati endise Haanja valla territooriumile 2 valda, Haanja ja Kergatsi, mis hiljem nimetati küla töörahva saadikute nõukogu täitevkomiteedeks. 1954. aastal liideti Kergatsi uuesti Haanja külanõukoguga. Praeguse territooriumi sai Haanja vald pärast Haanja külanõukogu, Ruusmäe külanõukogu ja osa Viitina külanõukogu ühendamist 1960.aastal. Siis viidi ka vallakeskus Plaanile, kus vallamajaks sai endine Plaani 7 klassilise kooli internaadihoone, veel varasemalt kirikupapi elamu.
Valla staatuse sai Haanja külanõukogu uuesti 10. jaanuaril 1991.aastal. Vallakeskus toodi Haanjasse tagasi 1992.aasta augustis, kus nüüd sai vallamajaks endise Munamäe sovhoosi kontorihoone.
